Esta colección cuenta con piezas fosiles de las tres eras geológicas organizadas cronológicamente, consta de 17605 piezas aproximadamente, dentro de las cuales se destacan los vertebrados de macrofauna de colombia, la colección de amonitas que apoyan el trabajo Zonation of the Cretaceous of central Colombia by ammonites desarrollado por el paleontológo Etayo serna, y los restos fósiles de Titanoboa Cerrejonensis, colectados en el Departamento de La Guajira entre otros.