Luego de obtener sus títulos de Magister y Ph.D. en Geología en los Estados Unidos.   Benjamín Alvarado organiza y dirige el Servicio Geológico Nacional, institución que continúa la labor iniciada por la Comisión Científica Nacional. El Servicio se estructura con las siguientes áreas: geología económica, geología de petróleos y geología aplicada a la ingeniería. La mencionada distribución, sería determinante para su desarrollo en los años posteriores y, para el alcance de sus objetivos centrales: elaborar el mapa geológico nacional, estudiar los recursos minerales, estudiar las reservas petroleras y conservar el museo geológico. 

Las concesiones petroleras de Mares y Barco que datan de inicios del siglo XX; permitían a particulares la explotación de campos en Magdalena y el Catatumbo respectivamente. Con el inicio de la reversión de estas concesiones, durante los años treinta, Colombia comenzó por su propia cuenta la explotación petrolera a través de la gestión de la Comisión Científica Nacional. Para los años cuarenta el Estado Colombiano debió prepararse para asumir la explotación de los campos que ya estaban en funcionamiento.  El Dr. Benjamín Alvarado, mantuvo un papel protagónico en todos estos momentos históricos por medio de estudios del subsuelo colombiano; estudios que redundaron en grandes avances sobre el conocimiento del potencial petrolero; culminando esta relevante tarea con su participación en la creación de ECOPETROL. 

Gestor científico en la Empresa Siderúrgica Nacional de Paz de Río

Durante las primeras décadas del siglo XX Colombia importó el hierro que necesitaba para la construcción y para la industria. Tras los hallazgos de yacimientos de mineral de hierro en Boyacá en 1942, y los estudios adelantados sobre esos yacimientos por el Dr. Benjamín Alvarado y sus colegas del Servicio Geológico Nacional, el gobierno colombiano creó la Empresa Siderúrgica Nacional de Paz del Río cuyo objetivo fue crear una planta siderúrgica para producir el acero necesario para el consumo nacional. En 1954, mientras Benjamín Alvarado fungía allí como geólogo jefe y subgerente; fue inaugurada la planta de Acerías Paz de Río, primer pilar para el desarrollo industrial del país.

Experto en proyectos de geología de la Organización de las Naciones Unidas ONU 

La prolífica carrera del Dr. Benjamín Alvarado fue reconocida a través de la invitación que le extendiera la Organización de las Naciones Unidas ONU, para colaborar como consultor experto en geología y minería en diferentes periodos dentro de proyectos tan significativos como el libro Estudio de los recursos en mineral de hierro del mundo, obra que se constituiría en herramienta esencial para el desarrollo de los recursos naturales de América Latina y África. Así m​ismo, dirigió exitosamente proyectos al interior del Programa de las Naciones Unidas para el Desarrollo PNUD en Congo, Somalia, Sierra Leona, Libia, Guinea Ecuatorial, Nigeria, Rep. Centro Africana, Etiopia, Guinea, Liberia, Niger, Sudán, Costa de Marfil, Ghana, Gabón y algunos países árabes como Jordania y Marruecos.